Die S6 fährt seit dem Sommer 2022 nicht mehr die Haltestellen Leverkusen-Rheindorf, Leverkusen-Küppersteg und Leverkusen-Mitte an. Sie verkehrt nur zwischen Essen und Langenfeld, sowie zwischen Leverkusen-Chempark und Köln-Worringen. Die Haltestellen dazwischen können mit dem Schienenersatzverkehr (Bus S6) erreicht werden. Die Wiederaufnahme des normalen Verkehrs der S6 als Bahn ist für September 2023 geplant.
Die anstehenden Bauarbeiten teilen sich in verschiedene Phasen auf. Das bedeutet auch, dass die Sperrungen des Bahn-Verkehrs erweitert werden müssen. Folgende Phasen und Sperrungen sind geplant:
Vollständige Sperrung der S-Bahn-Strecke und Montag bis Freitag Nachts zwischen 00:15 Uhr und 04:30 Uhr Sperrung der Strecke für andere Bahnen auf der Strecke zwischen Chempark und Langenfeld.
Vollständige Sperrung der S-Bahn-Strecke und Montag bis Freitag Nachts zwischen 00:15 Uhr und 04:30 Uhr Sperrung der Strecke für andere Bahnen auf der Strecke zwischen Köln-Mülheim und dem Abzweig Düsseldorf-Reisholz.
Vollständige Sperrung der S-Bahn-Strecke und für andere Bahnen (RRX und Fernverkehr) auf der Strecke zwischen Köln-Mülheim und dem Düsseldorf-Oberbilk / Düsseldorf Hauptbahnhof. Aufgrund von Verzögerungen fahren die Bahnen nicht zum 15.09. / 16.09., sondern erst wieder ab dem 24.09 abends (RRX) bzw. 25.09. morgens (S6). Die Züge fahren entweder andere Linienwege oder über Opladen. Der Bahnhof Leverkusen-Mitte wird in der Zeit gar nicht angefahren.